עיקר ייחודו של האייקידו הוא בכך שלמרות היותו בעיקר אומנות להגנה עצמית,הוא משתמש כבסיס לפילוסופיה שלו ברעיון של להיות בהרמוניה עם התוקפן, במקום להיות בריב איתו. האידיאל של אייקידו אינו לשאוף ולתכנן את הרס יריבך, אלא להיות בהרמוניה רוחנית ופיסית איתו, וכך להשתמש בכוחו כדי להביס ולנטרל את תוקפנותו מבלי להרוס אותו.

בתוך הטכניקה של האייקידו ארוגים אלמנטים של פילוסופיה, פסיכולוגיה ודינאמיקה. דרך האימון בשטחים אלו, מאמן האדם את רוחו, משפר את בריאותו ומפתח את ביטחונו העצמי. דרך האימון הפיסי בתורת הלחימה פנים אל פנים, מבין המתאמן את הצדדים הרוחניים של אייקידו.

אייקידו היא אומנות לחימה של חוסר התנגדות, או אומנות לחימה ללא תוקפנות. זוהי אומנות לחימה לא תחרותית המציעה דרכים לא אלימות לפיתרון קונפליקטים בדרך של אימון גופני, והמפתחת יכולות קשב, חברתיות ותקשורת.